Du 7 au 10 avril 2025 : Formation « Biologie virtuelle 3D »
Equipe formatrice
- Amélie Beaudet, Chaire de Professeur junior CNRS
- Camille Grohé, Maître de Conférences
- Gildas Merceron, Directeur de Recherche CNRS
- Jérôme Surault, Technicien université
- Axelle Walker, Postdoctorante CNRS
- Charlotte Theye, Postdoctorante Fyssen
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Résumé du programme
Cette formation proposée par le laboratoire PALEVOPRIM (UMR 7262 Université de Poitiers & CNRS Ecologie & Environnement) a pour objectif de fournir des connaissances et des compétences sur l’utilisation des outils d’imagerie 3D en sciences naturelles, depuis l’acquisition et le traitement de données virtuelles (surfaces et structures internes d’un objet) jusqu’aux analyses statistiques dans le but de répondre à une problématique de recherche donnée.
Vous serez formés à la numérisation surfacique d’objets biologiques à diverses résolutions à travers l’utilisation d’un profilomètre (Leica DCM8) et de deux scanners 3D (Artec Space Spider, Medit i700). D’autre part, vous serez familiarisés avec les principes de la numérisation par rayons X de spécimens anatomiques (éléments squelettiques osseux et dentaires, tissus mous) afin d’accéder de manière non invasive aux structures internes de ces objets (CT, microCT, synchrotron).
Des données 3D issues de scans CT et IRM seront traitées (par ex. reconstruction 3D de régions d’intérêt, travail sur la texture, le maillage, différents formats d’images et d’objets 3D) puis analysées (en particulier les paramètres morphométriques). Vous apprendrez également à extraire des données 3D disponibles à partir de ressources en ligne (par ex. MorphoMuseuM, Morphosource) et à utiliser les formats et les logiciels appropriés pour les exploiter. Enfin, vous suivrez une introduction aux méthodes d’impression de modèles 3D (imprimantes Raise3D PRO2+ et Zortrax M200+).
Les modèles virtuels ont pour vocation à la fois de fournir de la donnée scientifique mais aussi de constituer des archives essentielles au partage de données entre chercheurs et chercheuses, à la préservation et la valorisation des spécimens originaux et à l’enseignement des sciences naturelles (supports pédagogiques).
Liste des équipements
- Leica DCM8 (Leica Microsystems)
- Artec Space Spider (Artec 3D)
- Medit i700 (Medit)
- Zortrax M200+ (Zortrax)
- Raise3D PRO2+ (Raise3D)
Liste des logiciels
- Leica Scan
- Leica Map
- Artec Studio
- Medit Link
- Z-suite
- Ideamaker
- TinkerCAD
- Avizo
- 3D Slicer
- Meshlab
- R Studio
Consignes pour l’inscription
- Pas de pré-requis particulier
- Dans la mesure du possible, les supports des travaux pratiques seront adaptés en fonction des intérêts de chacune et chacun. Ainsi, merci de nous faire parvenir des informations sur la nature de vos objets d’étude et sur vos attendus au moment de l’inscription.
- Limitation à 8 participant(e)s